进口到巴拿马的商品在通过巴拿马海关时必须由一家报关行办理结关手续，报关行必须是在巴拿马海关办理过代理报关注册登记，并获批准的具有法人资格的公司或企业。代理行一般须准备下列票证：进口货物的报关单;有关发票;装箱单;进口货物提单或运单。结关程序是;报关行必须向海关提交一份包括全部进口货物的报关单，并附上经过核实的领事发票和提单以及进口商已经缴纳了巴拿马所得税的法律证明。领事发票是驻出口国的巴拿马领事馆签发的一种特定格式的发票，一般包括托运人与收货人的名称与地址、装运港、目的港、运输方式等，标记号码应与提单相符。其作用是证明进口商品是否与原产地相符，证明所填写的货物名称、单价、数量是否属实，还可以作为巴拿马征税的依据。

　　在进口货物到达巴拿马的24小时之内，报关行若有正当理由不能提交领事发票和提单，则须缴纳两倍于进口税额的保证金，这样才允许办理货物结关手续。报关行若在90天的期限内以适当形式提交了上述规定的文件，保证金将予以退还。进口货物在结清关税后若在24小时之内从海关运走，则要缴纳海关保管费。保管费用必须在货物运走之前结清。当累计的海关保管费与货物的价值相等时，海关将拍卖所保管的进口货物，以抵消货物的保管费。所有到达巴拿马城和科隆市的货物，如果是转装他船，必须储存在政府指定的特殊仓库里。

　　货物存仓与再出口

　　一些存放在海关仓库的货物，虽然已被确定为将被重新装船转口，但是在特殊情况下，只要得到巴拿马有关部门的批准以及缴纳了两倍的所有有关费用之后，就可在巴拿马境内销售或消费。只要进口商愿意，货物就可申报存进仓库。如果进口商没有自己的保税仓库，货物可存放在政府开办的仓库中，期限为6个月。如果上述货物在6个月之内没有被再出口或者没有缴纳仓储费，货物将被视为自动放弃。另外，巴拿马政府在巴拿马城建有保税仓库，而且在运河区设有直接把货物交付给经过巴拿马运河货轮的仓库，这些货物也可供在运河区从事这一业务的承包人所消费。